Одним из главных нововведений в игре является то, что главным героем стала Мара Джейд, одна из самых популярных персонажей вселенной Звездных Войн. История начинается через пять лет после событий «Jedi Knight».
Дополнение использует значительно улучшенный движок Jedi Knight, в который добавили множество визуальных эффектов, вроде цветного освещения, а также несколько новых врагов и Сил. Язык программирования COG, который использовался в Jedi Knight для создания скриптовых событий, был значительно улучшен новыми функциями. Mysteries of the Sith также добавило новые режимы мультиплеера и несколько типов нового оружия, вроде световых гранат, рейлгана и карбонитовой пушки. Мультиплеер Mysteries of the Sith не стал столь же популярным, как мультиплеер Jedi Knight, поскольку Mysteries of the Sith продавался отдельно от Jedi Knight.
